Topic outline

  • En el primer cuatrimestre del 2025 se dictará:

    • "Taller de Bioinformática" 
    • Electiva "Determinación de secuencia genómica, ensamblado y anotación de fagos (SEA-PHAGES Fase II)" Es parte del programa SEA-PHAGES

    Quien quiera cursar el Taller como materia de posgrado o electiva debe enviar un mail indicandolo a mespariz@fbioyf.unr.edu.ar.

    Quien quiera cursar SEAPHAGES2 sin haber cursado la primer parte debe enviar un mail iindicandolo a mespariz@fbioyf.unr.edu.ar.

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    Como transparente virtual se utilizará la plataforma de:

    AEB, Taller, Bioinformática:  COMUNIDADES

    Electiva SEA-PHAGES2: EdVFCByF

    La materia de posgrado "Aspectos Esenciales en BIoinformática" no requiere que el estudiante tenga formación previa en Bioinformática dado que es un curso introductorio. Sin embargo, está destinados a graduados de la carrera "Lic. en Biotecnología" o afines (Bioquímica, farmacia, etc). La materia está aprobada en la currícula de los Doctorados en Cs. Biológicas y Cs. Químicas de la FCByF-UNR.

    No recomendamos cursar el Taller de Bioinformática o la electiva "Bioinformática" si no se tiene las correlatividades para hacerlo. De cualquier forma, pueden contactarse para comunicar su situación particular y tomar una decisión. Toda decisión dependera, en última medida, de la cantidad de lugares disponibles (los cursos son prácticos!)

  • Temario

    Unidad 1: Introducción a la Bioinformática
    Introducción y reseña histórica de la Bioinformática. El rol de la bioinformática en el análisis de datos de expresión génica. La aplicación de la bioinformática en el mapeo gen / genoma. Papel de la bioinformática en la alineación de secuencias y la búsqueda de homólogos. Alcances de la bioinformática estructural. Procesamiento bioinformático de datos de producción masiva (“Big Data”). Conceptos básicos de hardware.

    Unidad 2: Búsqueda y comparación de secuencias
    Comparación de secuencias. Secuencias homólogas (ortólogas, parálogas, xenólogas). Bases de datos primarias de ADN y proteínas (GenBank, EMBL, Swiss-Prot, TrEMBL, etc.). Búsquedas en bases de datos por similitud de secuencia utilizando la herramienta BLAST y sus variantes. Bidireccional best Hits. Búsquedas y funcionamiento de las Bases de datos a través de índices y campos. Significancia estadística de la alineación de secuencias

    Unidad 3: Análisis filogenético molecular
    Tipos de alineamiento: alineamiento global, alineamiento parcial. Alineamiento de a pares y múltiple. Nociones de algoritmos, complejidad y heurísticas. Generación de Matrices de score (BLOSUM, PAM). Dot-Plot. Relación del análisis filogenético con la alineación de secuencias. El concepto de árboles evolutivos. Análisis filogenéticos basados en caracteres (método de parsimonia y máxima verosimilitud) y en distancia (método de unión de vecinos “Neighbor-Joining” y UPGMA). Fiabilidad de las predicciones filogenéticas: Bootstrap y Jackknife. Complejidad del genoma y análisis filogenético.

    Unidad 4: Identificación y búsqueda de motivos locales conservados
    Identificación de motivos y dominios en la alineación de secuencias múltiples: motivos, patrones, reglas, huellas dactilares, bloques, perfiles, modelos de Markov ocultos. PSI-BLAST, PHI-BLAST, Mega-Blast, hmmscan, hmmsearch y jackhmmer. Bases de datos secundarias Pfam, Gene-Ontology, UniProt, PRINTS, ProSIte. Anotación de secuencias.

    Unidad 5: Análisis Bioinformático de Genomas
    Ensamblado y anotación de genomas, predicción de genes. Base de datos de Genomas. Mapeo físico de genes. Variantes alelicas “Variant Calling”. Uso de Genome Browsers (NCBI), RAST, Ensembl y Galaxy. Comparación de Genomas. Identidad nucleotídica promedio.

    Unidad 6: Bioinformática Estructural
    Análisis bioinformático de estructuras, alineamiento estructural. Predicción de la estructura secundaria de las proteínas y del ARN. Búsqueda de motivos estructurales. Ficheros PDB. El Protein Data Bank. Programas para la visualización de estructuras 3D.

    Unidad 7: Técnicas "ómicas"
    Producción y análisis de grandes datos. Conceptos de transcriptómica, proteómica, metabolómica y metagenómica.DNA-Seq y RNA-Seq. Integración de resultados de técnicas ómicas o high throughput. Bases de datos de vías metabólicas KEGG, BioCyc y otras. Análisis Multivariado. 

    • El temario del "Aspectos Esenciales en Bioinformática" es similar a la electiva "Bioinformática".  Se daran clases adicionales con temas avanzados en los que se profundizará en Proteómica, RNAseq y se dará una introducción al lenguaje R. 

       

    • El temario del "Taller de Bioinformática" y la electiva "Bioinformática" son iguales. La electiva se diferencia en que se dictan en 60 horas en lugar de 50 horas. Por ello tiene una actividad integrativa extra (TP3) que consiste en una presentación de un paper científico relacionado al plan de tesina. 

      Si existieran diferencias en el programa o modalidad descripto en el PUPA con lo que se indica en el poster de "Ferias de Electivas" deben considerar este último documento dado que es el más actualizado.

  • Primer cuatrimestre

      Horario:

    Taller de Bioinformática:
    • Martes de 08:00 a 10:00 (Comisión 3-4)
    • Martes de 10:30 a 12:30 (Comisión 1-2)
    • Nueva comisión!! Martes de 14:30 a 16:30
    • Martes de 16:30 a 18:30 (Comisión 5-6)
    SEA-PHAGESII: 
    • Jueves de 13:00 a 13:30: Introducción teórica (opcional para estudiantes de 5to año).
    • Jueves de 13:30 a 15:30: Parte práctica (todos los estudiantes).
    Lugar:
    AULA 7 (1er piso de la facultad)

    Inscripción: vía Guararní

    Comenzamos el 25 de marzo!